Mikroskopia elektronowa jako narzędzie rekonstrukcji 3D komórek i ich ultrastruktury - od teorii do praktyki 20-SD-S3-MIKROS.EL
Ćwiczenia (C) semestr letni 2021/2022

Denk,W.&Horstmann, H. (2004) Serial block-face scanning electron microscopy to reconstruct three-dimensional tissue nanostructure. PLoS Biol. 2, e329.

Schalek, R., Kasthuri, N., Hayworth, K., et al. (2011) Development of high-throughput, high-resolution 3D reconstruction of large-volume biological tissue using automated tape collection ultramicrotomy and scanning electron microscopy. Microscop. Microanal. 17S2, 966–967

Knott, G., Marchman, H., Wall, D. & Lich, B. (2008) Serial section scanning electron microscopy of adult brain tissue using focused ion beam milling. J. Neurosci. 28, 2959–2964.

Wanner, A.A., Kirschmann, M.A., Genoud, C. 2015. Challenges of microtome-based serial block-face scanning electron microscopy in neuroscience. Journal of Microscopy, 259 (2), pp. 137-142. doi: 10.1111/jmi.12244

Smith, D., Starborg, T. 2019. Serial block face scanning electron microscopy in cell biology: Applications and technology. Tissue and Cell, 57, pp. 111-122. doi: 10.1016/j.tice.2018.08.011

Deerinck TJ, Bushong EA, Thor A, Ellisman MH. 2010. NCMIR methods for 3D EM: a new protocol for preparation of biological specimens for serial block face scanning electron microscopy. http://ncmir.ucsd.edu/sbfsemprotocol.pdf

Belevich I, Joensuu M, Kumar D, Vihinen H, Jokitalo E. Microscopy Image Browser: a platform for segmentation and analysis of multidimensional datasets. PLOS Biol 2016; 14:e1002340

Zajęcia oceniane są na podstawie pracy własnej studenta oraz raportu końcowego z przeprowadzonej pracy (samodzielnie wykonanej rekonstrukcji 3D wybranych struktur komórkowych).

bardzo dobry - student aktywny na zajęciach, raport kompletny, bez błędów, wskazujący na bardzo dobre opanowanie metod trójwymiarowego obrazowania.

dobry - student aktywny, raport kompletny, jednak zawierający drobne błędy, wskazujący na dobre opanowanie metod trójwymiarowego obrazowania.

dostateczny - student o umiarkowanej aktywności, raport niekompletny, zawierający błędy i braki i wskazujący na dostateczne opanowanie metod trójwymiarowego obrazowania.

niedostateczny - student nieaktywny bądź o małej aktywności, raport niekompletny, z dużymi brakami, wskazujący na brak opanowania metod trójwymiarowego obrazowania.

1. Podstawy teoretyczne obrazowania 3D ultrastruktury komórek, omówienie metod SBEM, ATUM-SEM, FIB-SEM.

2. Zajęcia praktyczne – przygotowanie próbki materiału biologicznego do obrazowana metodą SBEM.

3. Zajęcia praktyczne – wykonanie rekonstrukcji 3D na podstawie seryjnych mikrofotografii przy użyciu oprogramowania Microscopy Image Browser.

Praca w grupie, praca laboratoryjna, dyskusja, instruktaż, konsultacja, analiza materiału, narzędzia cyfrowe