Bioinformatyka W2-S2BT19-2BT-11
Laboratorium (L) semestr zimowy 2020/2021

Brown T.A. 2012. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

Fletcher H.L., Hickey G.I., Winter P.C. 2011. Genetyka. Krótkie wykłady. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

BIOINFORMATYKA. PODRĘCZNIK DO ANALIZY GENÓW I BIAŁEK. red. A.D. Baxevanis , B.F.F. Ouellette Wydawca: PWN Rok wydania: Warszawa 2004

Bioinformatyka i ewolucja molekularna 2011 Autor: Attword Teresa K., Higgs Paul G. Wydawca: Wydawnictwo Naukowe PWN

WPROWADZENIE DO BIOINFORMATYKI Arthur Lesk Wydawca: PWN Rok wydania: 2019

w czasie trwania zajęć prowadzący w sposób ciągły ocenia pracę studenta pod kątem ww. wymagań merytorycznych, weryfikuje jego umiejętności teoretyczne i praktyczne związane z bieżącą tematyką zajęć, ocenia zaangażowanie, solidność i rzetelność podczas pracy i przy sporządzaniu dokumentacji oraz kreatywność w rozwiązywaniu problemów badawczych. Dzięki zastosowaniu metod grywalizacji w procesie dydaktycznym prowadzący aktywizuje studentów i z wykorzystaniem cyfrowych narzędzi, jak np. quizy Kahoot lub Mentimeter, weryfikuje wiedzę na bieżąco w czasie zajęć, co umożliwia ocenę ciągłą studentów w sposób skwantyfikowany.

Warunkiem możliwości oceny jest kontakt ze studentem audio-wizualny, w razie braku technicznych możliwości uczestnictwa w zajęciach z wykorzystaniem kamery i mikrofonu obligatoryjna jest responsywność ze strony studenta via chat na kanale MS Teams

Ponadto po zakończeniu każdej jednostki ćwiczeniowej student ma 30 minut na dokończenie karty pracy realizowanej w czasie zajęć i przesłanie jej do prowadzącego na wcześniej wskazany adres e-mail (lub udostępnienie pliku w zależności od ustaleń)

Bardzo dobry - student aktywnie uczestniczy w pracach ćwiczeniowych, rozumie celowość podejmowanych czynności, potrafi objaśnić kolejne etapy przeprowadzanych procedur i zna zasadę działania stosowanych technik, zadaje pytania świadczące o jego zaangażowaniu i kreatywności w rozwiązywaniu bieżących problemów oraz planowaniu dodatkowych eksperymentów, czynnie uczestniczy w dyskusjach dotyczących analizy i interpretacji wyników;

dobry - student potrafi odpowiedzieć na zadane mu pytania, rozumie zasadnicze etapy przeprowadzanych procedur, potrafi zaplanować proste eksperymenty i korzystając z dostępnej literatury interpretować wyniki obserwacji, jest solidny w prowadzeniu dokumentacji prac laboratoryjnych;

dostateczny - student potrzebuje dodatkowych wskazówek od prowadzącego w trakcie wykonywania czynności zleconych oraz przy rozwiązywaniu bieżących problemów, jest słabo zaangażowany w realizację zajęć praktycznych, nie wykazuje aktywności podczas dyskusji wyników;

niedostateczny - student jest niezaangażowany w wykonywanie prac laboratoryjnych, nie rozumie celu przeprowadzanych czynności ani zleconych zadań, nie prowadzi rzetelnej dokumentacji wykonywanych prac i obserwacji, nie zna podstawowych pojęć potrzebnych do interpretacji wyników;

1. Wprowadzenie do baz danych genomicznych

2. Sequence alignment, BLAST algorythm, MSA

3. Modelowanie 3D białek, wpływ mutacji na strukturę

4. Filogenetyka molekularna

5. Przewidywanie i analiza sekwencji promotorowych

6. Elementy analizy różnicowej ekspresji genów na podstawie danych pochodzących z sekwencjonowania wysokoprzepustowego (NGS)

7. Elementy analizy róznicowej ekspresji genów na podstawie danych pochodzących z sekwencjonowania wysokoprzepustowego (NGS)

8. Projekt praktyczny in silico ‘Find-A-Gene’

Szczególny nacisk położony jest na poznanie różnych metod stosowanych w analizach bioinformatycznych. W przeprowadzonych pod kierunkiem prowadzącego analizach student nabywa umiejętności wyszukiwania informacji w dostępnych bazach danych, gromadzenia informacji pochodzących z eksperymentów biologicznych oraz podstawowych analiz bioinformatycznych. Ponadto, studenci zapoznają się w metodami analizy danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Na zajęciach prowadzący wykorzystuje metody grywalizacji w procesie dydaktycznym przez co prowadzący aktywizuje studentów i z wykorzystaniem cyfrowych narzędzi, jak np. quizy Kahoot lub Mentimeter utrwala ze studentami wiedzę na bieżąco w czasie zajęć. W trakcie zajęć z Bioinformatyki są wykorzystywane treści artykułów oryginalnych i przeglądowych w języku angielskim w celu projektowania eksperymentów oraz analizy i interpretacji ich wyników.