Biotechnologia środowiska W2-S2BT19-2BT-25
Laboratorium (L) semestr letni 2020/2021

1. Błaszczyk M.K. 2008. Mikroorganizmy w ochronie środowiska. PWN, Warszawa.

2. Błaszczyk M.K. 2010. Mikrobiologia środowisk. PWN, Warszawa.

3. Dziewit Ł., Bartosik D. 2011. Genomy prokariotyczne w świetle analiz genomicznych. Post. Mikrobiol., 50, 2, 87-96.

4. Klama J. 2004. Współżycie endofitów bakteryjnych z roślinami. Acta Sci. Pol., Agricultura, 3, 1, 19-28.

5. Kukla M., Cania B., Płociniczak T., Piotrowska-Seget Z. 2014. Fitoremediacja terenów skażonych związkami ropopochodnymi z wykorzystaniem bakterii endofitycznych. Przemysł Chemiczny, 93, 3.

6. Napora A., Kacprzak M., Nowak K., Grobelak A. 2015. Wpływ bakterii endofitycznych na promowanie wzrostu roślin w warunkach stresowych. Post. Biochem., 61, 4, 398-402.

7. Pisarska K., Pietr S.J. 2014. Bakterie endofityczne – ich pochodzenie i interakcje z roślinami. Post. Mikrobiol., 53, 2, 141–151.

8. Pawlik M., Płociniczak T., Piotrowska-Seget Z. 2015. Bakterie endofityczne i ich znaczenie w mikrobiologii środowiskowej, medycynie i przemyśle. Post. Mikrobiol., 54, 2, 115-122.

9. Pociejowska M., Natywa M., Gałązka A. 2014. Stymulacja wzrostu roślin przez bakterie PGPR. Kosmos, 63, 4, 603-610.

10. Chlebek D., Hupert-Kocurek K. Endophytic bacteria in phytodegradation of persistent organic pollutants. Advancements of Microbiology. 58 (1), 2019, 2545-3149.

11. Gan S., Lau E. V., Ng H. K. 2009. Remediation of soils contaminated with polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), J. Hazard. Mater., 171, 532-549.

12. Hepworth J. D., Waring D. R., Waring M. J. 2009. Chemia związków aromatycznych, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

13. Hupert-Kocurek K., Mrozik A. 2009. Pozyskiwanie drobnoustrojów o wzmożonej aktywności degradacji związków o strukturze aromatycznej. Laboratorium, 11-12: 22-24.

14. Kur J. 1994. Podstawy inżynierii genetycznej, Wydawnictwo Politechniki Gdańskiej, Gdańsk.

15. Maniatis T., Fritsh E.F., Sambrok J. 1989. Molecular Cloning a Laboratory Manual. CSH Cold Spring Harbour Laboratory Press.

Zajęcia laboratoryjne są obowiązkowe. Dopuszcza się 2 usprawiedliwione nieobecności w semestrze, jednak nie więcej niż jedną w danym bloku ćwiczeniowym- części biochemicznej i mikrobiologicznej.

Ocena końcowa z zajęć laboratoryjnych jest średnią arytmetyczną oceny z części biochemicznej i części mikrobiologicznej.

Ocena z laboratorium, zarówno z części biochemicznej jak i mikrobiologicznej, jest średnią ważoną z 4 form weryfikacji efektów kształcenia:

- oceny z kolokwium (0,5),

- końcowej oceny z raportów/kart pracy/testów dotyczących zagadnień omawianych podczas danych zajęć (0,2)

- oceny z opracowanego mini projektu (0,2)

- oceny ciągłej z umiejętności praktycznych z laboratoriów stacjonarnych/aktywności podczas zajęć zdalnych (0,1).

Średnia 4,76 i powyżej oznacza ocenę bdb, 4,75 do 4,26 +db, 4,25 do 3,76 db, 3,75 do 3,26 +dst, 3,25 do 2,76 dst, poniżej 2,76 ndst.

Uzyskanie pozytywnej oceny końcowej z laboratorium możliwe jest po uzyskaniu pozytywnej oceny z każdej z form weryfikacji efektów kształcenia.

W trakcie całego cyklu zajęć przeprowadzane są 2 kolokwia. Stosuje się punktowy system oceny pytań na kolokwium. Za każdą prawidłową odpowiedź na pytanie, przydzielana jest liczba punktów wskazana przy tym pytaniu. Liczba uzyskanych punktów stanowi podstawę oceny wg skali: bdb – powyżej 90% +db – 90 do 81% db – 80 do 71% +dst – 70 do 61% dst – 60 do 51% ndst – poniżej 51%. Kolokwia należy zaliczyć w terminach wyznaczonych przez prowadzących. Nieobecność nieusprawiedliwiona na kolokwium jest równoznaczna z oceną niedostateczną z tego kolokwium.

Na ocenę raportu z pracy laboratoryjnej składa się: poprawność wykonania doświadczeń, obliczeń matematycznych, formułowania wniosków i dyskusji wyników przedstawionych w raporcie. Studenci (w obrębie zespołów wyznaczonych przez prowadzących) przygotowują raporty z poszczególnych ćwiczeń. Każdy z raportów oceniany jest w skali ocen ndst (2.0) – bdb (5.0). Ocena końcowa z raportów jest średnią arytmetyczną z ocen poszczególnych raportów.

Podczas zajęć prowadzonych w trybie zdalnym, prowadzący oceniają wiedzę przyswojoną na każdych zajęciach na podstawie kart pracy/testów/ gier lub krzyżówek przeprowadzanych pod koniec zajęć z wykorzystaniem aplikacji i platform edukacyjnych. Stosuje się punktowy system oceny pytań. Za każdą odpowiedź prawidłową przydzielana jest liczba punktów wskazana przy pytaniu. Uzyskane punkty przelicza się na %.

Kryteria oceny mini projektu. Zespół studentów opracowuje samodzielnie mini-projekt związany z problemami poruszanymi podczas wykładów i zajęć praktycznych. Ocenie podlega poprawność merytoryczna, umiejętność krytycznej analizy treści przekazywanych w trakcie wykładów i zajęć praktycznych oraz pochodzących ze źródeł literaturowych, internetowych, w rozwiązaniu zadanego problemu, umiejętność pracy w grupie, podziału zadań podczas opracowywania projektu, prezentacji projektu. Projekt oceniany jest w skali ocen ndst (2.0) – bdb (5.0).

Aktywność ciągła studenta podczas laboratoriów lub aktywność podczas zajęć zdalnych, oceniana jest w skali punktowej 0-1, gdzie: 1 – spełnienie wymagań merytorycznych 0 – wymagania merytoryczne ocenione negatywnie Końcowa ocena ustalana jest na podstawie ilości uzyskanych punktów: bdb – powyżej 90% +db – 90 do 81% db – 80 do 71% +dst – 70 do 61% dst – 60 do 51% ndst – poniżej 51%. Student, który uzyskał negatywną ocenę nie podlega dalszej ocenie.

Część mikrobiologiczna:

1. Izolacja bakterii zdolnych do rozkładu związków aromatycznych oraz bakterii opornych na jony metali ciężkich. Izolacja bakterii endofitycznych. Przygotowanie odczynników i podłoży mikrobiologicznych. Zasady opracowania mini-projektu.

2. Izolacja DNA genomowego i plazmidowego z wybranych szczepów bakterii. Ocena potencjalnych mechanizmów promowania wzrostu roślin występujących u wybranych szczepów bakterii cz. - 1 posiew.

3. Ocena potencjalnych mechanizmów promowania wzrostu roślin występujących u wybranych szczepów bakterii cz. 2 – odczyt.

4. Analiza i omówienie wyników przeprowadzonych doświadczeń. Kolokwium.

Część biochemiczna:

1.Badania mikroorganizmów znajdujących zastosowanie w bioremediacji środowisk zanieczyszczonych. Przygotowanie odczynników i podłoży mikrobiologicznych. Obliczenia chemiczne.

2. Identyfikacja genów kodujących dioksygenazy katecholowe oraz genów warunkujących oporność bakterii na jony metali ciężkich.

3. Klonowanie genu 2,3- dioksygenazy katecholowej.

4. Oznaczanie aktywności 2,3-dioksygenazy katecholowej w komórkach transformantów.

5. Kolokwium. Prezentacja przygotowanych mini-projektów.

Zajęcia laboratoryjne w wymiarze 5 godzin lekcyjnych prowadzone stacjonarnie lub zdalnie za pomocą aplikacji Teams w wypadku zaistnienia sytuacji wyjątkowego zagrożenia epidemicznego.

Zajęcia stacjonarne - prowadzenie doświadczeń, analiza i dyskusja wyników, kolokwium. Wykorzystanie aplikacji, gier internetowych i metody odwróconej klasy do realizacji zagadnień związanych z biotechnologią środowiska oraz sprawdzania przygotowania studentów do zajęć.

Zajęcia zdalne - prowadzone z wykorzystaniem aplikacji Teams w ramach utworzonego zespołu. Instrukcje oraz materiały do samodzielnego studiowania umieszczone w odpowiednich katalogach w zespole na platformie Teams; rozwiązywanie przez studentów kart pracy/testów/gier z poszczególnych tematów laboratoryjnych za pośrednictwem aplikacji Teams; kolokwium; prezentacja mini projektów.